A Vampire Knight Guilty ott veszi fel a történet fonalát, ahol a Vampire Knight letette. Zero Kaname vérének köszönhetően "felgyógyult" és a mit sem sejtő - ám továbbra is kedvesen mosolygó - Yuki társaságában továbbra is prefektusi feladataikat látják el. Ám lassan világossá válik, hogy semmi sem lesz olyan, mint korábban volt.
Yuki bármennyire is próbálja palástolni, egyre rosszabbul érzi magát. Álmatlan éjszakák, véres látomások és saját lelkiismerete gyötri a múltjával kapcsolatban, nem tud szabadulni a gondolattól, hogy valami megbocsáthatatlan, bűnös dolgot tett és ehhez Kuran Kanamének is köze van, ám bármennyire igyekszik, egyedül nem képes felszínre hozni gyermekkori emlékeit, ráadásul Kaname sem segít a kislánynak.
Zero továbbra sem hajlandó megbékélni a vámpírléttel, Yuki iránti érzéseit is egyre nehezebben tudja kordában tartani, és ha ez még nem lenne elég, ikertestvére Ichiru újra felbukkan, mi több, nappali tagozatos diákként beiratkozik az akadémiára és feltett szándéka, hogy bosszút álljon űrnője, Hio Shizuka gyilkosán.
Ezenközben egy sötét múltbéli árny közeledik fenyegetően az akadémia felé, aminek jelenlétét mindenki megérzi. Egy ősi, könyörtelen erő készül visszatérni, hogy befejezze, amit évekkel ezelőtt elkezdett, és nagyon úgy tűnik, hogy a nemeseknek is benne van a keze. Aztán elkezdődik a macska-egér játék...

Rendezte: Sayama Kiyoko
Eredeti mű: Hino Matsuri
Írta: Okada Mari
Karakter dizájn: Nishida Asako
Zene: Haketa Takefumi
Stúdió: Studio DEEN